Trong thế giới ngày càng phát triển của Duel Monsters, khi những người đấu tay đôi cải thiện kỹ năng của họ và thăng hạng, các trận đấu tay đôi ngày càng trở nên phức tạp. Bằng cách tuân thủ các quy tắc nghiêm ngặt, ngoài việc sử dụng và học các chiến lược đã được chứng minh, một người có thể phát triển thành một tay đôi mạnh mẽ. Tuy nhiên, là một cậu bé yêu thích phát minh và khám phá những khả năng mới, cậu học sinh tiểu học Yuuga Oudou nhận thấy cách đấu tay đôi hiện tại có thể đoán trước được và cứng nhắc hay nói cách khác là nhàm chán.
Do đó, anh đặt mục tiêu tạo ra một con đường mới trong đấu tay đôi với phát minh mới thú vị của mình: Rush Duels. Tham vọng của anh nhanh chóng thu hút sự chú ý của Tatsuhisa Kamijou, một học sinh tiểu học cùng trường, người đã đưa anh đến một nơi bí ẩn với nỗ lực khám phá tiềm năng của hệ thống mới.
Trong khi Yuuga đặt mục tiêu triển khai Rush Duels như một tiêu chuẩn đấu tay đôi mới và phá bỏ các quy ước của trò chơi, anh ấy mở ra cánh cửa cho mục tiêu cuối cùng của mình làm cho các trận đấu tay đôi trở nên thú vị trở lại.