5 năm trôi qua kể từ sau season 1, cả Đội lẫn Liên Minh đều có sự thay đổi lớn. Các thành viên thế hệ đầu mỗi người một ngả, bên cạnh đó là sự xuất hiện của những thành viên mới trẻ tuổi hơn. Danh tiếng của các siêu anh hùng trước công chúng ngày một xấu đi. Cùng lúc đó, hàng loạt người ngoài hành tinh bí mật xâm lược Trái Đất, chúng bắt cóc và tiến hành thí nghiệm lên chính con người, nhưng mục đích thật sự của chúng là gì thì chưa rõ. Mọi chuyện càng rắc rối hơn khi bí ẩn về 16 giờ mất tích của 6 thành viên Liên Minh bị Vandal Savage điều khiển được hé lộ, đẩy các anh hùng vào tình thế khó khăn hơn bao giờ hết. Trong khi đó, The Light vẫn đang âm thầm hoạt động cùng một đối tác mới.
