Cuộc sống trở lại trên du thuyền sau Kỳ thi Đặc biệt trên Đảo là bất cứ điều gì ngoài việc thuận buồm xuôi gió. Gần như ngay sau khi trở về, các học sinh năm nhất của Trường Trung học Nuôi dưỡng Nâng cao Thủ đô Tokyo phải đối mặt với một kỳ thi đặc biệt khác, với cả điểm cả lớp và điểm cá nhân.
Ngoài bộ quy tắc phức tạp, nhiều vấn đề hơn nảy sinh dưới dạng Kakeru Ryuuen và Kei Karuizawa. Tức giận với kết quả của bài kiểm tra trước, Ryuuen đã chết vì phải vượt qua mọi lớp trong thử thách mới bằng mọi cách cần thiết. Trong khi đó, Karuizawa, một trụ cột quan trọng của Lớp D, gần như sụp đổ dưới áp lực của quá khứ.
Sân khấu bây giờ được thiết lập để Kiyotaka Ayanokouji một lần nữa - sử dụng toàn bộ kế hoạch, tầm nhìn xa và thao túng tàn nhẫn của mình - hướng Lớp D đến chiến thắng khi các lực lượng kẻ thù cận kề nguy hiểm cố gắng hạ gục nó.