Diễn ra sau các sự kiện của phần phim thứ tư, loạt phim tập trung vào Keisuke Amano, 11 tuổi, em trai của Natsume (cả hai đều là con của Keita Amano và Fumika Kodama trong anime Youkai Watch gốc), người không tin vào bất kỳ điều gì. hiện tượng siêu nhiên quanh mình. Nhưng khi nhận thấy em gái mình thường xuyên về nhà muộn, anh quyết định theo dõi cô, chỉ để biết rằng cô đang thực hiện nhiệm vụ trừ tà Youkai cùng với những người bạn của mình là Touma và Akinori, đồng thời điều hành một công ty thám tử Yo-Kai. Khi bí mật của họ được tiết lộ cho anh ấy, Natsume quyết định để anh ấy tham gia vào các hoạt động của cô ấy khi họ điều tra tội ác của Yêu quái và tiêu diệt Yêu quái độc ác để duy trì hòa bình trên toàn thành phố.
