Diễn ra 30 năm sau các sự kiện của loạt phim truyền hình Youkai Watch gốc. Từng có một cậu bé 11 tuổi tên là Keita Amano, người cầm một chiếc đồng hồ đeo tay có thể ra lệnh cho Yêu quái, cậu sẽ kết bạn với Yêu quái và hoàn thành rất nhiều việc lớn. Nhưng khi cậu bé lớn lên, cậu mất khả năng nhìn thấy Youkai. Và đối với chiếc đồng hồ đeo tay có thể điều khiển Yêu quái, sự tồn tại của nó có nguy cơ làm xáo trộn sự cân bằng giữa thế giới con người và Yêu quái, vì vậy nó đã bị lãng quên ngoài thời gian và không gian. Chẳng mấy chốc ... câu chuyện về chiếc đồng hồ đeo tay điều khiển Youkai đã trở thành một huyền thoại. Nhưng sau đó, một điều gì đó đã xảy ra sau nhiều năm đã trôi qua ... một loại virus Youkai dịch bệnh được gọi là Onimaro bắt đầu ảnh hưởng đến những người có ý định xấu xa và lây lan vô tận, biến họ thành Kaodeka Oni và gây ra sự hỗn loạn khắp thành phố. Khi kết thúc cận kề, chỉ những người được Đồng hồ yêu quái mới chọn mới có thể chống lại mối đe dọa sắp tới và sẽ cứu cả Yêu quái và con người khỏi sự hủy diệt nhất định.
