Câu chuyện đưa chúng ta trở lại năm trước thềm thiên niên kỷ mới và thế giới phải đối mặt với tận thế. Năm 1999, theo di ngôn của mẹ, Kamui Shiro trở lại. Tại đây, cậu đã gặp lại hai người bạn cũ của mình là Fuma và Kotori Monou, đồng thời phải đối mặt với số mệnh của chính mình là bị cuốn vào cuộc chiến quyết định tương lai thế giới giữa Thiên Long và Địa Long.
