Emily trở lại FBI nhưng vẫn bị nghi ngờ. Xuất hiện tổ chức bí mật tiến hành thí nghiệm tâm lý và sinh học lên con người thời Emily bị giam. Emily để lộ mặt tối dữ dội hơn, bắt đầu điều tra theo cách cực đoan. Nick bị thao túng và gặp ác mộng tâm lý. Emily phát hiện con đường dẫn đến một dự án mang tên "Rex" – với các thí nghiệm làm thay đổi hành vi con người. Cuối mùa: Emily truy ra kẻ đứng đằng sau là Julianne Gunnarsen, một quan chức FBI cao cấp liên quan mạng lưới tội phạm quốc tế. Emily giết Julianne để bảo vệ Flynn.