Sau thảm họa Ryunka, Tokyo rơi vào thời kỳ hỗn loạn xã hội. Tệ hơn nữa, nhóm người ngoài hành tinh chịu trách nhiệm trực tiếp cho sự kiện thảm khốc đã trốn thoát khỏi Liên đoàn Không gian và đang ẩn náu trên Trái đất.
Vẫn có chung một cơ thể, sĩ quan Liên đoàn Không gian Birdy Cephon Altera và học sinh trung học Tsutomu Senkawa được giao nhiệm vụ truy bắt những kẻ chạy trốn và đưa chúng ra trước công lý. Tuy nhiên, một cuộc khủng hoảng bất ngờ phát triển khi những kẻ sống ngoài vòng pháp luật trở thành mục tiêu của một sát thủ vô danh với một mối thù truyền kiếp. Bây giờ Birdy phải đối phó với sự hỗn loạn của cuộc sống hàng ngày và cũng khám phá danh tính của kẻ ám sát trước khi nhiều kẻ trốn thoát trở thành nạn nhân.