Bi kịch ập đến với cuộc đời của Cless Alvein, một kiếm sĩ trẻ tuổi và Chester Barklight, một cung thủ trẻ tuổi, khi họ trở về ngôi làng Totus của mình và phát hiện nó bị đánh sập bởi Hiệp sĩ đen bí ẩn. Để chiếm lấy thế giới, Black Knight tìm cách tuyên bố sức mạnh của Quỷ Vương, Dhaos - bị phong ấn bởi tổ tiên của Cless và một giáo sĩ trẻ tên là Mint Adnade. Sự thức tỉnh của Dhaos không chỉ báo hiệu sự kết thúc của Hiệp sĩ đen mà còn có khả năng là cả thế giới. Cless và Mint bây giờ phải du hành một thế kỷ vào quá khứ để tập hợp các đồng minh có khả năng đánh bại Quỷ Vương một lần và mãi mãi.
Tales of Phantasia The Animation kể về cuộc hành trình của Cless và Mint từ rất lâu về trước, nơi họ thiết lập một liên minh với phù thủy nửa yêu tinh Arche Klaine và người triệu hồi Klarth F. Lester. Cùng nhau, họ cố gắng đánh bại Dhaos và quân đội của anh ta để cứu lấy quá khứ cũng như những năm sắp tới.