Khi đã đạt đến đỉnh điểm về cảm xúc, Rintarou Okabe từ chối tiếp tục hỗ trợ nhà du hành thời gian Suzuha Amane trong sứ mệnh ngăn chặn Thế chiến III, tin rằng mọi nỗ lực tiếp theo để cứu Makise Kurisu sẽ vô ích. Ngay sau đó, Okabe từ bỏ tính cách nhà khoa học điên rồ của mình và trở thành một sinh viên đại học dường như bình thường.
Bạn thân của Okabe, Mayuri Shiina nhận thấy anh ấy đang hồi phục sau chấn thương và rõ ràng là rất vui. Tuy nhiên, có điều gì đó dường như vẫn đang khiến Okabe bận tâm. Steins;Gate: Kyoukaimenjou no Missing Link - Divide By Zero đánh dấu sự khởi đầu của một sự khác biệt quan trọng một dòng thời gian trong đó gánh nặng của số phận leo thang vượt quá giới hạn của một người.