Amu Hinamori và những người bảo vệ trường tiểu học Seiyo tiếp tục nhiệm vụ tìm kiếm và làm sạch X Eggs trong khi theo đuổi Embryo khó nắm bắt — một quả trứng được cho là có thể ban cho bất kỳ điều ước nào. Tuy nhiên, những người bảo vệ phải bảo vệ Phôi thai trước khi nó rơi vào tay của Tập đoàn Phục sinh bất chính. Là một phần trong kế hoạch thu hút Phôi thai của họ, Easter thuê Lulu de Morcerf, một cô gái xa cách có chiếc vòng cổ hồng ngọc mang lại cho cô khả năng chuyển đổi Heart Eggs thành Mystery Egg.
Những Quả Trứng Bí Ẩn kỳ lạ này không thể được làm sạch dễ dàng như Trứng X, và chúng có thể buộc chủ nhân của nó phải trải qua một Sự Chuyển Đổi Nhân Vật. Với mối đe dọa ngày càng tăng này, các Guardians phải truy tìm nguồn gốc của nó và ngăn chặn chúng trước khi vấn đề vượt quá tầm kiểm soát. Đối mặt với áp lực không thể vượt qua từ hai mục tiêu mới này, liệu những Người bảo vệ có thể phục hồi Phôi thai đồng thời xử lý Trứng bí ẩn?