Vào năm 1600, tại chiến trường Sekigahara đầy sương mù, một trận chiến khốc liệt đã diễn ra giữa hai kiếm sĩ kiệt xuất. Một người là Kyoushirou Mibu, một chiến binh thiện nghệ và cao quý sở hữu sức mạnh độc nhất của Gia tộc Mibu. Người còn lại là sát thủ ngàn người, với đôi mắt và mái tóc màu máu, "Mắt quỷ" Kyou. Cuộc đụng độ huyền thoại của họ bị cắt ngắn khi một thiên thạch từ trên trời rơi xuống chiến trường đó, khiến cả hai biến mất sau đó.
Samurai Deeper Kyou bắt đầu bốn năm sau trận chiến đó, khi một thợ săn tiền thưởng cầm súng tên là Yuya Shiina săn lùng Kyoushirou - giờ là một thầy thuốc lang thang biến thái, người đã gây ra một khoản nợ lớn. Trên đường đi đòi tiền thưởng của anh ta, họ bị tấn công bởi một con quái vật vô nhân đạo đang tìm cách ăn tươi nuốt sống Kyoushirou. Cuộc gặp gỡ này đã đánh thức "Mắt quỷ" Kyou, người có tâm trí bị mắc kẹt bên trong cơ thể Kyoushirou kể từ trận chiến định mệnh đó. Do đó, bắt đầu một câu chuyện vĩ đại về hai kiếm sĩ huyền thoại và việc khám phá ra bí mật của họ.
