Vào năm 2025, những người máy tự động được mệnh danh là Kikou bất ngờ xuất hiện và tấn công con người, khiến nhiều thành phố bị tàn phá hoàn toàn. Nền văn minh nhân loại bị bỏ lại trong đống đổ nát, nhưng mảnh vỡ của Kikou sau đó được tìm thấy ở Nhật Bản. Một cơ sở nghiên cứu tên là Viện Tokyo Kikou (Toukigen) được thành lập để điều tra vũ khí của Kikou. Theo câu tục ngữ "dùng độc thắng độc", sử dụng Kikou để đánh bại Kikou dường như là hy vọng cuối cùng của nhân loại. Chín năm sau, một vũ khí mới có tên là Muttsu được tạo ra từ quá trình nghiên cứu và nó gần như đã sẵn sàng để sử dụng trong thực chiến. Một cậu bé, Rin Sagami, và một cô gái, Yuzuru Midou, được chọn để cưỡi Muttsu. Họ được giao phó những hy vọng cho tương lai của nhân loại, nhưng họ đối mặt với nhiệm vụ với lòng dũng cảm. Tuy nhiên, những gì đang chờ đợi cả hai là một số phận nghiệt ngã.
