Chiến tranh đường sắt! diễn ra trong một vũ trụ thay thế, nơi chính phủ Nhật Bản vẫn kiểm soát hệ thống đường sắt của quốc gia. Do sự ổn định của sự lãnh đạo của chính phủ, hệ thống đường sắt được phép phát triển.
Naoto Takayama khao khát trở thành nhân viên của Đường sắt Quốc gia Nhật Bản vì cuộc sống thoải mái mà nó sẽ giúp anh có thể sống. Để đạt được điều này, anh ấy tham gia chương trình đào tạo của mình, nơi các sinh viên phải thể hiện kiến thức về tàu hỏa cũng như khả năng sẵn sàng cho mọi thử thách có thể phát sinh.
Trong khoảng thời gian này, anh ấy sẽ gặp gỡ những học sinh khác như Aoi Sakura có năng khiếu thể thao, Sho Iwaizumi thường xuyên đói và bộ bách khoa toàn thư về con người Haruka Komi. Họ sẽ cùng nhau cố gắng sống sót qua thời kỳ thực tập sinh, đồng thời đối mặt với những kẻ giật ví, đe dọa đánh bom và bóng ma lờ mờ của nhóm “RJ” cực đoan muốn tư nhân hóa hệ thống đường sắt.