Do sự thành công đáng kinh ngạc của Hệ thống Sibyl, Nhật Bản đã bắt đầu xuất khẩu công nghệ này sang các nước khác với hy vọng một ngày nào đó nó sẽ được sử dụng trên toàn thế giới. Để kiểm tra tính hiệu quả của nó ở một địa điểm nước ngoài, nhà nước Liên minh Đông Nam Á (SEAUn) đang bị chiến tranh tàn phá quyết định triển khai hệ thống, với hy vọng mang lại hòa bình và ổn định cho thị trấn Shambala Float và giữ cho dân số luôn ở mức ổn định.
Tuy nhiên, một nhóm khủng bố chống Sibyl đến Nhật Bản, và Cục An toàn Công cộng của Bộ Phúc lợi phát hiện ra bằng chứng quan trọng cho thấy những kẻ xâm lược đang được trợ giúp bởi Shinya Kougami, một cựu Enforcer đã lừa đảo. Vì mối quan hệ trong quá khứ của họ, Akane Tsunemori được gửi đến SEAUn để đưa anh ta trở lại, nhưng với những năm gặp gỡ cuối cùng của họ trong quá khứ, cuộc hội ngộ của họ có thể không diễn ra như kế hoạch.