Satoshi và Pikachu, cùng những người bạn, Airisu và Dento, đang trên một chuyến tàu đến điểm tiếp theo trong chuyến hành trình của họ. Từ trên tàu, Satoshi nhìn thấy một Pokémon đang bị thương - loài mà cậu chưa từng thấy bao giờ. Cậu đang cố tìm cách cứu trợ thì con tàu bị tấn công bởi Kyurem huyền thoại, Một Pokémon hệ Rồng với sức mạnh vô biên. Satoshi và những người khác suýt soát thoát được cuộc tấn công của Kyurem, ngay sau khi bụi tan đi, họ lập tức quay sang Pokémon bị thương. Người đồng hành mới của họ hóa ra là Pokémon huyền ảo Keldeo, và nó đang trên đường giải cứu bạn của mình - Cobalon, Terrakion, và Virizon, những Pokémon huyền thoại được biết như là Swords of Justice - khỏi nanh vuốt của Kyurem.
Nhưng cuộc tấn công của Kyurem vẫn chưa kết thúc, và nó đang hấp thụ năng lượng từ Reshiram và Zekrom, biến hóa thành Black Kyurem và White Kyurem để làm cho đòn tấn công của nó mạnh hơn nữa! Tại sao Kyurem lại tấn công Satoshi và những người bạn của mình bằng sự giận dữ không khoan nhượng? Làm sao họ có thể vượt qua được mối nguy hiểm này?
Để bảo vệ bạn bè của mình, để tìm ra được sức mạnh thật sự và lòng dũng cảm chân chính, và để giữ vững mối liên kết giữa Satoshi và những người bạn, một sức mạnh giấu kín đã thức tỉnh bên trong Keldeo...