Thành phố công nghệ cao Larousse là một nơi rất ấn tượng để ghé thăm - và cũng là một nơi ấn tượng cho những trận thi đấu Pokémon nữa. Satoshi đi thẳng đến Tháp thi đấu nổi tiếng, nhưng mọi chuyện xảy ra không như mong đợi khi đối thủ của cậu lại là một cậu bé nhút nhát Tory. Vì một sự kiện đáng sợ thời thơ ấu, Tory sợ tất cả Pokémon - ngay cả những Pokémon dễ thương như Pikachu.
Có điều còn đáng sợ hơn khi Deoxys xuất hiện và kiểm soát cả thành phố, tắt toàn bộ máy móc và bắt giữ mọi người. Một Pokémon cảm thấy không vui là huyền thoại Rayquaza, và nó sẽ làm mọi cách để loại bỏ kẻ xâm lược này ra khỏi lãnh thổ của mình! Trong khi đó, Satoshi, Tory và những người bạn có thể bị mắc kẹt ở giữa, nhưng họ chắc chắn không rời khỏi cuộc chiến.