Hàng năm thành phố Alto Mare tổ chức một cuộc đua Pokémon hệ Nước đặc biệt qua các con đường kênh của mình và lần này, Satoshi và Kasumi là những đối thủ nặng ký! Mặc dù không thắng, nhưng Satoshi vẫn có được vị trí đặc biệt trong tim của một cô gái bí ẩn mà câu đã cứu thoát khỏi hai cô gái gian xảo khác. Nhưng đây không phải là cô gái bình thường - thật ra nó là Latias huyền thoại đang ngụy trang!
Satoshi được đặc cách đến thăm thế giới bí mật của Latios và Latias, nhưng thế giới này sớm bị đe dọa bởi hai cô gái lúc nãy - Annie và Oakley - kẻ nhắm vào hai Pokémon huyền thoại cũng như là viên ngọc bí ẩn được gọi là Soul Dew Những yếu tố này kết hợp lại cho phép họ kiếm soát được một cỗ máy mạnh mẽ thường được dùng để bảo vệ thành phố khỏi những mối nguy hiểm Tuy nhiên, khi chiếc máy bị trục trặc, không chỉ Latios và Latias gặp nguy hiểm mà còn là cả toàn bộ thành phố Alto Mare!