Sân khấu là thành phố Ayanagi, một thành phố gần biển Nhật Bản. Đó là một thành phố tương lai được xây dựng để phục hồi sau thảm họa gây ra bởi "Hội chứng thờ ơ" mười năm trước. Học sinh trung học Shin Kanzato cùng với em trai Jun, gặp lại anh trai Ryou, cảnh sát trưởng thành phố Ayanagi, sau mười năm. Vào thời điểm đó, hàng loạt sự cố kỳ lạ xảy ra ở thành phố Ayanagi như thủy thủ đoàn của một chiếc tàu ngầm đột nhiên biến mất khi đang ở trong tàu ngầm của họ, hay một triệu chứng vô hồn làm xáo trộn thế giới sau mười năm, hay trường hợp một xác chết từ trong ra ngoài. học sinh có một vẻ ngoài tàn nhẫn. Ryou lần theo dấu vết của tổ chức đứng sau chuỗi sự cố, và sau khi tham gia vào các sự cố, Shin đã đánh thức "Persona".
