Thiếu úy Kei Agemaki, con trai của một vị tướng nổi tiếng, đã che giấu nỗi sợ hãi tột độ đối với những sinh vật huyền bí suốt cuộc đời mình. Tuy nhiên, khi anh và hai người khác được chỉ định sống và làm việc với yêu quái trong Bộ Tinh thần, anh phải đối mặt với cơn ác mộng tồi tệ nhất của mình. Giờ đây, với sự giúp đỡ của linh hồn cáo Kushimatsu, anh và các sĩ quan đồng nghiệp của mình phải học cách làm việc cùng với các thiếu nữ yêu quái Zakuro, Susukihotaru, Hoozuki và Bonbori để giải quyết các vụ án huyền bí.
Lấy bối cảnh là một phiên bản thay thế của quá trình Tây phương hóa Nhật Bản, Otome Youkai Zakuro khám phá những xung đột và liên minh có thể xảy ra khi đông gặp tây, địa phương gặp nước ngoài và phụ nữ gặp nam giới. Liên minh bất thường của các thiếu nữ yêu quái và sĩ quan con người phải học cách làm việc cùng nhau trong một thế giới đang thay đổi xung quanh họ.