Giải phóng một cuộc tấn công bất ngờ tàn khốc, các ninja bay từ Land of Sky đang tìm cách trả thù kẻ thù cũ Konohagakure của họ. Bất chấp sự háo hức tham gia cuộc chiến, Naruto Uzumaki bị giữ bởi Shinnou, một bác sĩ bí ẩn, người cần sự giúp đỡ của anh ấy để cứu một người bị thương. Trong khi đưa người đàn ông bị thương đến bệnh viện, Naruto có một cuộc chạm trán bất ngờ với Amaru một thanh niên hung hãn đến từ một ngôi làng lân cận đang tuyệt vọng tìm kiếm sự giúp đỡ của Shinnou.
Trong khi đó, khi quân xâm lược rút lui để khôi phục lực lượng, Tsunade nắm bắt cơ hội cử một đội nhỏ bao gồm Sai, Shikamaru Nara và Kakashi Hatake để tấn công căn cứ của chúng. Đồng thời, cô giao cho Naruto, Sakura Haruno và Hinata Hyuuga đi cùng Shinnou và Amaru trong cuộc hành trình của họ. Tuy nhiên, trong thời gian này, Orochimaru có những âm mưu của riêng mình: hắn ra lệnh cho Uchiha Sasuke mang đến cho hắn một bác sĩ chuyên về kỹ thuật tái sinh.
Khi nhóm hộ tống vô tình phát hiện ra sự thật nham hiểm đằng sau các cuộc tấn công, các kế hoạch hỗn loạn được bắt đầu thực hiện. Nhưng ngay cả khi phải đối mặt với một cuộc hội ngộ không lường trước được, Naruto vẫn không dao động trong nỗ lực chấm dứt chiến tranh và những hậu quả tai hại của nó.