Rokujou Miharu, 14 tuổi, im lặng, thờ ơ nhưng tinh nghịch, là người nắm giữ hijutsu, "Shinrabanshou", một kỹ thuật mạnh mẽ mà nhiều gia tộc ninja mong muốn sở hữu để trở thành người thống trị Nabari. Bạn cùng lớp Kouichi và giáo viên tiếng Anh Kumohira đều là những ninja bí mật của gia tộc Banten, cam kết bảo vệ Miharu khỏi nhiều kẻ tấn công. Giữ thái độ thờ ơ, Miharu cố gắng từ chối lời mời tham gia "câu lạc bộ" ninja của họ. Tuy nhiên, sau nhiều cuộc tấn công, anh ta không còn lựa chọn nào khác ngoài việc gia nhập nhóm của họ như một phương tiện để sinh tồn. Dần dần, Miharu tiến một bước gần hơn đến việc trở thành người cai trị Nabari.
