Câu chuyện của Mushi-uta diễn ra trong tương lai gần. Mười năm trước khi câu chuyện mở đầu, những sinh vật giống côn trùng kỳ lạ được gọi là "Mushi" bắt đầu xuất hiện. Người Mushi có thể tiêu thụ giấc mơ và suy nghĩ của mọi người để đổi lấy sức mạnh siêu nhiên. Ở cuối tập một, nhân vật chính Daisuke "Kakkou" Kusuriya gặp một cô gái trẻ tên là Shiika Anmoto. Hai người, theo thời gian, trở nên khá thân thiết. Tuy nhiên, Kakkou không hề hay biết, Shiika là một kẻ trốn thoát khỏi một nhà tù bí mật được gọi là GARDEN, nơi giam giữ những người do Mushi đóng giả, được gọi là Mushitsuki. Lực lượng quân sự của GARDEN, Văn phòng Điều hành Bảo tồn Môi trường Đặc biệt, đã cử kẻ giết người giỏi nhất của mình để truy tìm Shiika. Tuy nhiên, họ phải đối mặt với sự kháng cự của tổ chức kháng chiến Mushibane, đứng đầu là "Bọ rùa".
