Vào buổi bình minh của thế kỷ 21, phép thuật, từ lâu được cho là văn hóa dân gian và truyện cổ tích, đã trở thành một công nghệ được hệ thống hóa và được dạy như một kỹ năng kỹ thuật. Ở trường Trung học Đệ Nhất, học viện dành cho các pháp sư, học sinh được chia thành hai nhóm dựa trên điểm thi đầu vào của họ: "Blooms", những người nhận được điểm cao, được chỉ định vào Khóa đầu tiên, trong khi "Weeds" là học sinh dự bị được chỉ định vào Khóa học thứ hai.
Mahouka Koukou no Rettousei theo chân anh chị em Tatsuya và Miyuki Shiba, những người đăng ký vào trường Trung học Đệ nhất cấp. Sau khi tham gia kỳ thi, Miyuki phi thường được xếp vào Khóa học đầu tiên, trong khi Tatsuya bị xếp xuống Khóa học thứ hai. Mặc dù điểm kiểm tra thực tế và trạng thái là "Weed" cho thấy anh ta không có phép thuật, nhưng anh ta có kiến thức kỹ thuật phi thường, khả năng chiến đấu vật lý và kỹ thuật ma thuật độc đáo — khiến Tatsuya trở thành kẻ bất thường tại một trường trung học phép thuật.