Mỗi ngày, Aya Asagiri đều nghĩ đến việc tự sát. Cô ấy bị bắt nạt không ngừng ở trường, và ở nhà, anh trai Kaname của cô ấy đã bạo hành cô ấy để giảm bớt áp lực học tập do cha của họ gây ra cho anh ấy.
Một đêm nọ, khi cô ấy thao thức muốn chết, một trang web bí ẩn có tên Magical Girl Site xuất hiện trên máy tính xách tay của cô ấy, hứa hẹn sẽ ban cho cô ấy sức mạnh phép thuật. Lúc đầu, cô ấy coi đó là một trò đùa đáng sợ, nhưng khi cô ấy tìm thấy một khẩu súng ma thuật trong tủ đựng giày của mình vào ngày hôm sau, cô ấy không biết phải tin vào điều gì. Quyết định mang theo nó, cô ấy sớm đụng độ những kẻ bắt nạt mình một lần nữa. Nhưng lần này, tuyệt vọng tìm kiếm bất cứ thứ gì để cứu mình, cô ấy đã sử dụng súng và những kẻ tấn công cô ấy được đưa đến một đoạn đường sắt băng qua gần đó, nơi họ bị cán qua.
Lương tâm của Aya không thể chấp nhận sự thật rằng cô đã sát hại hai người bạn học của mình bằng phép thuật, và cô cố gắng tìm hiểu sự việc một cách tuyệt vọng. Tuy nhiên, khi cô lại thấy mình gặp rắc rối, cô được cứu bởi Tsuyuno Yatsumura, một người bạn cùng lớp có thể sử dụng phép thuật để dừng thời gian. Bộ đôi này có rất nhiều việc phải làm: họ không chỉ phải chiến đấu bên cạnh và chống lại các cô gái phép thuật khác mà còn phải khám phá ra sự thật đằng sau trang web và sự kiện tận thế được gọi là "The Tempest" sắp xảy ra.
