Lấy bối cảnh ở một tương lai gần, nơi văn hóa otaku ở Nhật Bản đã bị xóa sổ bởi một tổ chức bí ẩn có tên là "SSC", Magical Girl Destroyers kể về những sai lầm của Anh hùng Otaku - một nhà cách mạng trẻ tuổi yêu thích văn hóa otaku - và Anarchy, Blue và Pink, một bộ ba cô gái phép thuật ngưỡng mộ anh ta. Họ cùng nhau đấu tranh để tạo ra "một thế giới nơi bạn có thể nói những gì bạn thích về những gì bạn thích bao nhiêu tùy thích."
