Madoka Kaname và Sayaka Miki là những nữ sinh trung học bình thường với cuộc sống bình thường, nhưng tất cả đã thay đổi khi họ gặp Kyuubey, một người bạn có phép thuật giống mèo, và Homura Akemi, học sinh mới chuyển đến.
Kyuubey đưa ra cho họ một đề xuất: anh ấy sẽ ban cho bất kỳ điều ước nào của họ và đổi lại, mỗi người sẽ trở thành một cô gái phép thuật, có đủ sức mạnh để thực hiện ước mơ của mình. Tuy nhiên, Homura Akemi, bản thân là một cô gái có phép thuật, thúc giục họ không chấp nhận lời đề nghị, nói rằng mọi thứ không như vẻ ngoài của nó.
Một câu chuyện về hy vọng, tuyệt vọng và tình bạn, Mahou Shoujo Madoka★Magica đề cập đến những khó khăn khi trở thành một cô gái phép thuật và cái giá phải trả để biến giấc mơ thành hiện thực.