Magician's Academy xoay quanh Takuto Hasegawa, người theo học tại một học viện phép thuật không được đánh dấu trên bất kỳ bản đồ nào. Trong một kỳ thi phép thuật triệu hồi, anh ta vô tình tạo ra một cô gái tên là Tanarotte, người tình cờ nắm giữ đủ sức mạnh ma thuật để hủy diệt đất nước của anh ta, nhưng may mắn thay, Tanarotte tuyên bố lòng trung thành (và tình yêu) bất diệt với "người tạo ra" cô ấy.
