Theo chân Little Busters sau khi họ thua trận bóng chày đầu tiên, cả đội quyết định tổ chức một bữa tiệc bánh kếp. Đã gần một học kỳ kể từ khi Kyousuke Natsume trở lại. Như thường lệ, Riki Naoe tiếp tục giúp đỡ các thành viên của Little Busters - cả cũ và mới - đối mặt với những cuộc đấu tranh nội tâm của họ. Tuy nhiên, những diễn biến kỳ lạ bắt đầu xảy ra, dẫn Rin Natsume và Riki đến gần hơn để làm sáng tỏ sự thật đằng sau "bí mật của thế giới này."
Rin và Rikki ít biết rằng, khám phá của họ sẽ thay đổi cuộc sống hàng ngày yên bình được tạo ra bởi Little Busters một lần và mãi mãi. Little Busters !: Refrain mang đến cái kết cho những câu chuyện đầy màu sắc của dàn diễn viên tổng hợp — được rèn luyện bằng sức nặng của cảm xúc và được củng cố bằng tình bạn — khi họ đối mặt với những hối tiếc và điểm yếu của mình.