Một ngày nọ, lớp 3-E của Trường phép thuật Kunugigaoka nhận được một nhiệm vụ đặc biệt: giết giáo viên chủ nhiệm của họ, Quỷ vương Koro-sensei. Để tăng cơ hội thành công, cả lớp tìm kiếm ba chiến binh mạnh nhất Karma Akabane, Itona Horibe và Ritsu những người sau này gia nhập công ty của họ. Ngay cả với sự giúp đỡ của họ, việc hoàn thành nhiệm vụ trở thành một nhiệm vụ không thể vượt qua vì họ không phải là những người duy nhất theo đuổi mạng sống của Quỷ vương.
Nhiệm vụ Koro-sensei! kể về cuộc phiêu lưu hài hước của Nagisa Shiota và lớp 3-E với tư cách là những học sinh phép thuật chibi. Được huấn luyện bởi không ai khác chính là mục tiêu của họ, các học sinh gặp phải những tình huống đầy thử thách nhưng vui nhộn trong suốt nhiệm vụ nguy hiểm là đánh bại Quỷ vương.