Câu chuyện của phim Sát Nhân Thứ 3 xoay quanh quá trình bào chữa của Shigemori cho Misumi - một người đang bị buộc tội giết người và đã ra đầu thú. Trong quá trình điều tra, Shigemori dần khám phá ra những bí mật khủng khiếp về vụ án, khiến anh nảy sinh nghi ngờ liệu thân chủ của mình có thực sự phạm tội hay không.