Vào tháng 2 năm 1999, một loạt vụ giết người có Shiki Ryougi và Mikiya Kokutou đứng ngoài cuộc. Những tội ác này có điểm tương đồng đáng lo ngại với một loạt vụ giết người tương tự từ năm 1995, khi Shiki và Mikiya lần đầu gặp nhau, và đánh thức một ham muốn giết người đen tối đã ngủ yên trong tâm hồn Shiki kể từ đó.
Với việc Shiki bị nghi ngờ do cô có liên quan đến các vụ giết người trong quá khứ và được cho là giống với kẻ giết người, cô và Mikiya bắt đầu tìm ra thủ phạm thực sự. Giữa các cuộc điều tra riêng biệt của họ, Mikiya ngày càng quan tâm đến sức khỏe của Shiki và vội vàng tìm ra kẻ chịu trách nhiệm để bảo vệ Shiki khỏi sự bốc đồng của chính mình. Với sự dẫn dắt mà anh ấy nhận được từ người anh họ của mình, cảnh sát điều tra Daisuke Akimi, Mikiya được dẫn vào thế giới ngầm của Thành phố Mifune, vì sự cứu rỗi linh hồn của Shiki nằm ở quyết tâm chứng minh sự vô tội của cô ấy một lần và mãi mãi.