Kannazuki no Miko bắt đầu ở làng Mahoroba, nơi thời gian trôi qua chậm rãi đối với cả con người và thiên nhiên. Hai học sinh từ Học viện Ototachibana danh tiếng của làng cũng có thể ngày đêm. Himeko nhút nhát và không quyết đoán, trong khi Chikane thì mạnh dạn và thanh lịch. Mặc dù vậy, họ yêu nhau và không có gì có thể xảy ra giữa họ, cho dù họ có cố gắng thế nào đi chăng nữa.
Vào ngày sinh nhật chung của hai cô gái, một giọng nói nham hiểm khiến một trong những người bạn của họ tấn công họ, và ngay khi điều đó có vẻ khó chịu nhất, sức mạnh của nữ tư tế mặt trăng và mặt trời đang nằm im trong hai cô gái thức tỉnh, xua tan cái ác. Tuy nhiên, đó chỉ là rào cản đầu tiên. Giờ đây, cả hai phải chống đỡ vô số những người khác có thể đe dọa đến hạnh phúc của họ — ngay cả những người thân thiết nhất với họ!