6 năm trước, nhân loại bị lây nhiễm một chủng loại virus mới, tên là Bugster Virus và biến họ thành những sinh vật được gọi là Bugster. Vào thời điểm hiện tại, một bác sĩ thực tập và cũng là một gamer thiên tài, Houjou Emu nhận được Gamer Driver và Mighty Action X Gashat để biến thân thành Kamen Rider Ex-Aid. Cùng với những bác sĩ Rider khác, Emu phải chiến đấu để cứu mọi người khỏi Bugster Virus đang lây lan trong nhân loại.
