Mari Sonoda đến cửa hàng dọn dẹp của Keitaro cùng với cháu trai Jotaro và gặp Naoya và Masato, những người đã trở lại. Trong khi đó, Smart Brain, đã trở thành một tổ chức chính phủ, đã chuyển đổi thành một công ty nhằm tiêu diệt toàn bộ sự sống của Orphnoch, và hoạt động này do Kitazaki lãnh đạo. Để bảo vệ Orphnoch khỏi bị tuyệt chủng, Masato Kusaka chiến đấu chống lại người thực thi của Smart Brain, Reina Kurumi. Không chỉ vậy, cô còn được hỗ trợ bởi không ai khác ngoài chính Takumi Inui, người đã biến mất nhiều năm trước và trở lại với tư cách là Kamen Rider NEXT Faiz để chỉ huy Smart Brain.... Mari và những người khác bối rối sau khi bị Faiz mới tấn công. Tại sao Takumi làm việc với Smart Brain? Kể từ đó anh ấy đã làm gì? Cuộc hội ngộ đầy sóng gió của họ đánh dấu sự khởi đầu của một câu chuyện mới liên quan đến Orphnoch và loài người.
