Trong khi các trường khác ở Nhật cạnh tranh danh hiệu đội bóng đá hay nhất nước, câu lạc bộ bóng đá của trường trung học Raimon, Inazuma Eleven, phải vật lộn để vươn lên từ bờ vực bị giải tán. Cháu trai của thủ môn thế hệ đầu tiên của Inazuma Eleven và là đội trưởng của đội, Mamoru Endou, nhận thử thách đưa câu lạc bộ bị lãng quên từ lâu trở lại hình dạng. Để làm được điều này, anh ấy sẽ cần một chút giúp đỡ và hơn cả là một chút may mắn.
Mamoru Endou tìm thấy hy vọng trong tay Shuuya Gouenji, một cầu thủ trẻ xuất sắc đã từ bỏ bóng đá. Mamoru quyết tâm mời Shuuya và những tân binh khác gia nhập đội của mình, bất kể giá nào. Niềm đam mê và quyết tâm của anh ấy có đủ để chữa trị cho câu lạc bộ ốm yếu không? Hay là không còn hy vọng cho đội nữa?