Trong tương lai bí ẩn, các sinh vật kết tinh được gọi là Đá quý sống trong một thế giới đã bị phá hủy bởi sáu thiên thạch. Mỗi Viên ngọc được giao một vai trò để chiến đấu chống lại Người Mặt trăng, một loài tấn công họ để phá vỡ cơ thể của họ và sử dụng chúng làm đồ trang trí.
Phosphophyllite, còn được gọi là Phos, là một Gem trẻ tuổi và mong manh, mơ ước được giúp đỡ bạn bè của mình trong nỗ lực chiến tranh. Thay vào đó, họ được yêu cầu biên soạn một cuốn bách khoa toàn thư vì tình trạng mong manh của họ. Sau khi miễn cưỡng bắt tay vào nhiệm vụ này, Phos gặp Cinnabar, một viên ngọc thông minh đã bị giáng xuống để tuần tra hòn đảo bị cô lập vào ban đêm vì chất độc ăn mòn mà cơ thể họ tạo ra. Sau khi thấy Cinnabar không vui như thế nào, Phos quyết định tìm một vai diễn mà cả hai Viên ngọc bị từ chối đều có thể tận hưởng. Houseki no Kunidõi theo những nỗ lực của Phos để trở nên hữu ích và bảo vệ những viên Đá quý của họ.
