Vào một ngày tháng 12 lạnh giá, Kyon đến trường để chuẩn bị cho một chuyến đi chơi khác với các thành viên của Lữ đoàn SOS. Tuy nhiên, khiến anh ngạc nhiên, anh phát hiện ra rằng hầu như mọi thứ đã thay đổi hoàn toàn: Haruhi Suzumiya và Itsuki Koizumi không còn ở đâu cả; Mikuru Asahina hoàn toàn không nhận ra anh ta; Yuki Nagato là một con người bình thường; và Asakura Ryouko đã trở lại một cách bí ẩn. Mặc dù không còn xa lạ với siêu nhiên, Kyon vẫn bị quấy rầy bởi những sự kiện kỳ quặc này và quyết định tự mình điều tra.
Tự cho mình là người duy nhất nhận thức được thực tại trước đây, Kyon giờ đây phải đối mặt với một lựa chọn khó khăn: cuối cùng sống cuộc sống bình thường mà anh hằng mong muốn, hoặc khám phá ra cách quay ngược bàn tay của thời gian và khôi phục lại tình trạng hỗn loạn của mình. thế giới quen thuộc.