Sinh ra từ một cái kén ở ngôi làng Old Home, Haibane trẻ tuổi một sinh vật có vầng hào quang và đôi cánh nhỏ màu xám đánh thức ở một thế giới mà cô không hiểu được khi không có ký ức về quá khứ. Được đặt tên là Rakka vì giấc mơ bị ngã khi ở trong kén, cô sớm quen với cuộc sống ở thị trấn xa lạ. Tuy nhiên, có những quy tắc nghiêm ngặt đối với Haibane, chẳng hạn như bị cấm rời khỏi làng hoặc đến gần những bức tường bao quanh nó. Những điều này, cùng với sự biến mất bí ẩn của đồng loại trong "Ngày bay", bắt đầu khiến Rakka và những người khác lo lắng vì họ hầu như không biết gì về đồng loại của mình.
Haibane Renmei không chỉ kể câu chuyện của Rakka mà còn của những người xung quanh cô, khi họ sống cuộc sống không có ký ức về quá khứ trong khi cố gắng thoát khỏi nỗi đau trước đây và cuối cùng tìm thấy sự cứu rỗi.