Grisaia no Rakuen bắt đầu ngay ở phần cuối của phần trước, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji bị bắt vì tình nghi khủng bố. Một đoạn video cho thấy bằng chứng cụ thể cho thấy Yuuji đã thực hiện những hành vi này, và anh ta đang bị giam giữ bởi Ichigaya.
Ichigaya biết rõ rằng Yuuji đã không phạm tội mà anh ta đã bị buộc tội. Nhưng anh ta đã thất bại trong việc ám sát Heath Oslo, kẻ đứng đầu tổ chức khủng bố bằng một thứ vũ khí cực kỳ tàn khốc mà chúng sở hữu. Trên thực tế, Ichigaya có kế hoạch riêng của họ cho Yuuji ...
Nhưng tất cả có thể không mất đối với Yuuji. Các cô gái của Học viện Mihama sẽ không để Yuuji bị lợi dụng vì lợi ích chính trị, và nhân vật mới bí ẩn xuất hiện trước mặt họ cũng vậy.