Hai năm đã trôi qua sau cuộc xâm lược của Tendoshuu vào Nhà ga trung tâm O-Edo. Kể từ đó, Yorozuya đã đi theo con đường riêng của họ. Biết trước sự trở lại của Utsuro, Gintoki Sakata bắt đầu khảo sát các đường ley của Trái đất để tìm dấu vết Altana của người đàn ông kia. Sau cuộc chạm trán với tàn dư của Tendoshuu - những người tiếp tục tìm kiếm sự bất tử - Gintoki trở về Edo.
Sau đó, Shinsengumi và Yorozuya được tập hợp lại bắt đầu tấn công Nhà ga Trung tâm bị chiếm đóng. Với Altana được thu hoạch bởi đống đổ nát của con tàu Tendoshuu có nguy cơ phát nổ, Yorozuya và các đồng minh của họ chiến đấu với kẻ thù của họ trong khi sự an toàn của Edo và phần còn lại của thế giới treo trong thế cân bằng. Hoàn thành tâm nguyện của giáo viên, các học sinh cũ của Shouyou Yoshida đoàn kết và sống lại quá khứ lần cuối với nỗ lực cứu lấy tương lai của họ.