Tương lai xa, 5012.
Cuộc xâm lược Trái đất bất ngờ trên không của < Người ngoài hành tinh ＞ và những sáng tạo của họ ＜ Dạng sống Máy móc＞ đã đẩy nhân loại đến bờ vực tuyệt chủng. Số người còn sống sót đã trú ẩn trên mặt trăng để tổ chức một cuộc phản công bằng cách sử dụng binh lính ＜android＞ để chiếm lại Trái đất.
Tuy nhiên, cuộc chiến đi vào bế tắc khi ＜Machine Lifeforms＞ tiếp tục nhân lên vô tận. Đổi lại, nhân loại triển khai một đơn vị lính android mới như một vũ khí tối thượng: ＜YoRHa＞
Mới được cử đến Trái đất ＜2B＞ tham gia＜9S＞, nhà phân tích hiện đang đóng quân ở đó, nơi mà trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, họ gặp phải vô số hiện tượng bí ẩn...
Đây là câu chuyện về những ＜android＞ vô hồn này và cuộc chiến bất tận của họ vì lợi ích của nhân loại.