Trong tuyệt vọng, Edward Elric đã hy sinh cả thể xác và linh hồn của mình để giải cứu anh trai Alphonse, và hiện đang được chuyển đến trung tâm thành phố Munich, Đức. Anh ta đấu tranh để thích nghi với một thế giới hoàn toàn xa lạ với anh ta sau cuộc khủng hoảng kinh tế sau khi kết thúc Thế chiến thứ nhất. Bị cô lập và không thể trở về nhà với kỹ năng giả kim của mình, Edward tiếp tục nghiên cứu các phương pháp khác để thoát khỏi nhà tù cùng với các đồng nghiệp. những người có những nét giống với nhiều người mà anh ta đã bỏ lại phía sau. Khi bất đồng chính kiến nổ ra trong công dân Đức, các nước láng giềng của họ cũng cảm thấy tình trạng bất ổn của đất nước bị sỉ nhục.
Trong khi đó, Alphonse tiếp tục điều tra vụ mất tích của Edward, nghiên cứu sâu hơn về khoa học giả kim với hy vọng cuối cùng đoàn tụ với anh trai của mình.