Mặc dù đã được một năm kể từ khi câu lạc bộ bơi lội của trường trung học Iwatobi được thành lập, nhưng các thành viên mới vẫn chưa tham gia câu lạc bộ. Bây giờ Haruka Nanase và Makoto Tachibana là học sinh cuối cấp, cùng với những người bạn nhỏ tuổi Nagisa Hazuki và Rei Ryuugazaki, họ phải tìm cách thu hút thành viên mới. Nếu không, câu lạc bộ sẽ buộc phải đóng cửa vào năm sau do thiếu thành viên.
Trong khi đó, với việc sắp tốt nghiệp, cũng là lúc các học sinh cuối cấp phải quyết định kế hoạch cho tương lai của mình. Không giống như người bạn Rin Matsuoka, đội trưởng mới của Câu lạc bộ bơi lội Học viện Samezuka, người quyết tâm thực hiện ước mơ trở thành vận động viên bơi lội chuyên nghiệp, Haruka và Makoto không chắc chắn về con đường sự nghiệp mà họ muốn đi.
Những vấn đề khác nảy sinh khi một người bạn cũ của Rin, Sousuke Yamazaki, đến thành phố để học tại Học viện Samezuka; Sự xuất hiện của một vận động viên bơi lội do thám gần đây khiến mối quan hệ giữa anh, Rin và Haruka trở nên căng thẳng.