Một mùa hè đáng yêu nữa lại trôi qua đối với Illyasviel von Einzbern. Tạm dừng nhiệm vụ cô gái phép thuật của mình, cô tận hưởng thời gian nghỉ ngơi sau khi thu thập Thẻ Lớp với người bạn thân nhất của mình Miyu Edelfelt.
Tuy nhiên, sự đổ vỡ của cô ấy đột ngột kết thúc khi cô ấy và Miyu bị Rin Toosaka và Luviagelita Edelfelt bắt cóc, khi đang đi chơi với bạn của cô ấy. Các cô gái phép thuật biết rằng công việc của họ còn lâu mới kết thúc, khi Tháp Đồng hồ thông báo với họ rằng lượng mana mất kiểm soát được cho là đã bị phong ấn tiếp tục phân tán khắp Thành phố Fuyuki. Sau khi đi đến điểm xuất phát của mana mất kiểm soát, Illya và Miyu được giao nhiệm vụ giải quyết sự bất thường.
Nhưng sau khi sử dụng phép thuật của họ, Illyasviel phát hiện ra rằng cô ấy bị chia thành hai người! Khi hình dạng mới bí ẩn này biến mất, cô ấy chỉ có thể tự hỏi: điều gì sẽ đến từ sự tồn tại của dopplegänger của cô ấy, chạy amok trong thị trấn không nghi ngờ?