Vào năm 2015, Tổ chức An ninh Chaldea đã thu hút các chuyên gia của cả lĩnh vực ma thuật và trần tục để quan sát tương lai của loài người về các sự kiện tuyệt chủng có thể xảy ra. Sự tồn tại của nhân loại dường như được đảm bảo trong thế kỷ tới — cho đến khi phán quyết đột ngột thay đổi, và việc diệt trừ loài này đang chờ đợi vào cuối năm 2016. Nguyên nhân chưa được biết, nhưng dường như có liên quan đến thị trấn Fuyuki của Nhật Bản và các sự kiện năm 2004 trong Cuộc chiến Chén Thánh lần thứ năm.
Đáp lại, Chaldea khai thác một phương tiện du hành thời gian thử nghiệm, công nghệ Rayshift. Với nó, Ritsuka Fujimaru, một thanh niên mới được tuyển vào tổ chức, và cô gái bí ẩn Mash Kyrielight, có thể du hành trở lại năm 2004 và khám phá cách cứu nhân loại. Một mệnh lệnh lớn để chống lại số phận đã được tuyên bố — mệnh lệnh thay đổi quá khứ và khôi phục tương lai.