Một địa ngục công nghệ giả danh thiên đường, Học viện Tsukimihara là một trường trung học nhân tạo đóng vai trò là bối cảnh cho Cuộc Chiến Chén Thánh tiếp theo. Được tạo ra bởi máy tính Moon Cell, ngôi trường là nơi sinh sống của những linh hồn được phóng chiếu từ Trái đất, những người thậm chí có năng khiếu nhỏ nhất để trở thành một "Master". Trong số 256 linh hồn này, 128 linh hồn sẽ được chọn cho giải đấu chính và được phong Servant. Với tất cả các Master được chọn, Học viện sẽ kích hoạt một cuộc thanh trừng, nhắm vào các dạng sống còn lại để loại bỏ.
Thức tỉnh trong vũng máu của chính mình, Hakuno Kishinami không chịu chết. Được thúc đẩy bởi cảm giác căm thù không tên, anh ta thề sẽ chiến đấu để tồn tại. Khi anh đấu tranh để thoát khỏi một kẻ truy đuổi không ngừng, anh tìm thấy một lưỡi kiếm màu đỏ thẫm cắm xuống đất; và bằng cách kéo nó ra, Hakuno triệu hồi Servant của chính mình, Saber, người ngay lập tức tiêu diệt kẻ theo đuổi mình trong một đám cánh hoa hồng. Với sức mạnh mới tìm thấy của mình, Hakuno bây giờ phải bắt đầu cuộc hành trình đến lõi của Moon Cell, Angelica Cage. Ở đó, anh ấy sẽ tiết lộ lý do của thế giới nhân tạo này và những bí mật về quá khứ đẫm máu của chính mình.