Trong một thế giới hậu khải huyền, khu định cư cuối cùng còn sót lại của con người ở Nhật Bản là thành phố kiên cố Tokyo-3. Shinji Ikari mười bốn tuổi được đưa đến trụ sở của NERV, một tổ chức ngầm do người cha ghẻ lạnh của anh, Gendou, lãnh đạo. Anh ta yêu cầu Shinji trở thành phi công của "Evangelion", một android khổng lồ được chế tạo để chiến đấu chống lại những sinh vật ngoài hành tinh quái dị và hủy diệt được gọi là "Thiên thần" tàn phá hành tinh và đe dọa sự tồn vong của loài người còn lại.
Mặc dù ban đầu miễn cưỡng, Shinji bị lung lay bởi ý tưởng hòa giải với cha mình và đồng ý hỗ trợ nỗ lực đầy nguy hiểm của nhân loại chống lại mối đe dọa từ người ngoài hành tinh, với tư cách là phi công của Evangelion Unit-01. Bị đẩy vào giữa một chiến trường nguy hiểm, Shinji phải tìm thấy sự can đảm cần thiết và quyết tâm đối mặt với sự xâm nhập của các Thiên thần trước khi quá muộn.