Digimon Xros Wars: Toki wo Kakeru Shounen Hunter-tachi diễn ra một năm sau thất bại của Bagramon và đồng đội. Kể từ đó, Taiki Kudou và Yuu Amano đã thành lập một đội bóng rổ với bạn cùng lớp của Yuu, Tagiru Akashi. Một ngày nọ, Tagiru phát hiện ra một khu vực kỳ lạ gọi là DigiQuartz, một thế giới kỳ lạ và không ổn định tồn tại giữa thế giới con người và thế giới kỹ thuật số. Sau đó, anh ấy nhận ra rằng trẻ em trên toàn thế giới đã có được Xros Loaders cũng như các đối tác Digimon để tham gia vào một cuộc thi có tên là 'Cuộc săn lùng Digimon'.
Digimon đi lang thang từ thế giới kỹ thuật số vào DigiQuartz có thể nuôi dưỡng những cảm xúc tiêu cực rò rỉ từ thế giới con người. Điều này làm cho Digimon mạnh hơn nhưng lại cực kỳ bạo lực. Do đó, các Thợ săn Digimon phải làm việc để ngăn chặn những Digimon này tàn phá thế giới loài người. Được tham gia bởi Gumdramon chuyên gây rắc rối, Tagiru đặt mục tiêu trở thành Thợ săn Digimon hàng đầu, trong khi không hề hay biết về mối liên hệ Digimon trước đây của Taiki và Yuu. Tuy nhiên, một thế lực độc ác ẩn nấp với việc tạo ra DigiQuartz, và những Thợ săn trẻ tuổi sẽ sớm nhận ra rằng Digimon Hunt không chỉ là một trò chơi đơn giản...