Những đứa trẻ được chọn đang bị sốc sau sự phản bội của Meicoomon, quái vật kỹ thuật số gần đây đã gia nhập nhóm của họ cùng với đối tác con người của cô, Meiko Mochizuki. Koushirou Izumi quyết tâm chẩn đoán căn bệnh lây nhiễm đã kiểm soát Meicoomon. Trong khi đó, Takeru Takaishi nhận ra rằng đối tác của chính mình, Patamon, đang bắt đầu biểu hiện các triệu chứng đáng báo động tương tự như các triệu chứng của các Digimon bị nhiễm bệnh khác, như Meicoomon.
Ngay sau đó, Những đứa trẻ được chọn nhận được một tin nhắn từ thực thể bí ẩn Cân bằng nội môi, người này thông báo rằng thế giới của họ đang có nguy cơ bị hủy diệt hoàn toàn và Thế giới kỹ thuật số, ngôi nhà của Digimon, cũng vậy. Cân bằng nội môi có kế hoạch thực hiện "Khởi động lại", thao tác này sẽ đặt lại tất cả dữ liệu tạo nên Thế giới kỹ thuật số và loại bỏ sự lây nhiễm. Tuy nhiên, Khởi động lại cũng sẽ xóa ký ức của tất cả các Digimon, bao gồm cả các đối tác của Trẻ em. Liệu Những đứa trẻ được chọn có thể ngăn chặn Meicoomon trước khi Khởi động lại trở nên cần thiết hay đây là dấu chấm hết cho thời gian của chúng cùng với các Digimon của chúng?